Подскажите движок для понимания многопоточных алгоритмов

Viper. Это младший брат Stockfish.

Я думаю, что это вопрос правильной конфигурации.
polyglot позволяет задать очень много настроек, так же как и xboard.

Я с Полиглотом дел практически не имел, поэтому рассуждаю только из общих соображений. Всё, что может сделать оболочка (Scid, Winboard, Chessbase, Aquarium, etc.) - это запустить ПРОЦЕСС движка.
Внутри себя этот ПРОЦЕСС уже сам, своими силами, запускает ПОТОКИ (или другие процессы - как Рыбка). Сколько этих потоков он запустит, и в каком режиме, зависит исключительно от конфигурации ДВИЖКА, никак не от типа оболочки. Конфигурация же движка может задаваться а) командной строкой, которую передаёт оболочка при запуске б) собственным ини-файлом движка в) командами UCI, которые оболочка шлёт после старта движка г) прочими экзотическими способами (реестром, например).
В случае Полиглота, очевидно, имеем некую комбинацию способов а) и в). В случае xboard - а) и б). Возможно, г). Надо читать документацию и понимать, как именно файл полиглот.ини влияет на запуск. Но то, что запустить в многопоточном режиме можно - я, почему-то, уверен.

Попробуйте запустить под xboard Крафти. У неё число потоков выставляется в .craftyrc файле.